Criado em 2012, o Programa Capacitar proporciona qualificação profissional e gratuita, para aumentar a empregabilidade e a inclusão social de pessoas que vivem em situação de vulnerabilidade no entorno das rodovias. Em 2015, obteve o reconhecimento pelo Programa das Nações Unidas Para o Desenvolvimento (PNUD), e a sua inclusão no 1º relatório com 19 cases de sucesso em modelos de negócio inclusivo de alta performance em desenvolvimento. Em 2018, a EcoRodovias contratou 12 colaboradores refugiados da Síria, Egito, Iraque, Iêmen, Marrocos e Venezuela capacitados pelo programa.